Aufgrund der einsetzenden Russifizierung und des Erwachens eines Nationalgefühls der Esten nach 1885 wurde die deutsche Sprache von der russischen abgelöst und darum jeglicher Schulunterricht in deutscher Sprache verboten. Das änderte sich erst wieder während der deutschen Besetzung des Baltikums im Ersten Weltkrieg 1916–18. Ein deutschbaltisch-dominierter Staat, das Vereinigte Baltische Herzogtum unter reichsdeutschem Schutz sollte errichtet werden. Auf ehemals deutschem Grundbesitz, den der deutschbaltische Adel abzutreten bereit war, sollte eine größere Zahl von Deutschen angesiedelt werden. Nachdem das Deutsche Reich aber den 1. Weltkrieg verlor und Estland 1918 erfolgreich seine Unabhängigkeit in Form eines neuen Nationalstaats erklärte, bewerteten die Esten das Verhalten der Deutsch-Balten als Landesverrat.
In Landreformgesetzen wurden darum die zumeist deutschbaltischen adligen Grundbesitzer in Estland zu großen Teilen zugunsten der landlosen estnischen Bauernschicht enteignet, hatten allerdings teilweise auch die Möglichkeit, ihren Besitz wieder zurückzukaufen. Dennoch setzte eine starke Verarmung der Baltendeutschen ein, denen der neue estnische Nationalstaat aber als nationale Minderheit zumindest eine weitgehende kulturelle Autonomie mit eigenen Schulen in deutscher Sprache gewährte.
Den Schlussstrich unter die über mehr als 700 Jahre sich entwickelnde deutsch-baltische Kultur setzte dann allerdings der deutsch-sowjetische Nichtangriffspakt 1939. Hitler und Stalin vereinbarten in einem geheimen Abkommen, dass Russland die baltischen Länder bekommt und Deutschland dafür einen Teil von Polen. Da die Baltendeutschen die intellektuelle Oberschicht bildeten war ihnen klar, dass dies für die Deutschen Deportation, Gefängnis oder Tod bedeuten würde. Ähnliches hatten sie bereits nach dem 1. Weltkrieg erlebt, als die Bolschewiken für ein paar Monate in Estland einfielen und ihren Terror in erster Linie gegen die baltendeutsche Oberschicht richteten.
Estland wurde schließlich unter massivem Druck und Gewaltandrohung 1940 von der Sowjetunion annektiert.
Der Plan zur Umsiedlung der von den Nationalsozialisten als „rassisch wertvoll“ betrachteten Deutschbalten vor allem in die neu eroberten polnischen Gebiete wurde 1939 zügig durchgeführt.